Факультет «Таможенное дело» является учебно-методическим, научным, духовно-просветительским и административным структурным подразделением Института. В соответствии с утвержденным в установленном порядке Государственными образовательными стандартами факультет готовит специалистов по направлениям обучения «Таможенное дело» и «Юриспруденция». Форма обучения – дневная, срок обучения – 4 года.

Факультет переподготовки и повышения квалификации является структурным подразделением Высшего военного таможенного института Государственного таможенного комитета Республики Узбекистан.
На Факультете осуществляется первоначальная подготовка, повышение квалификации и переподготовка сотрудников таможенных органов, а также подготовка специалистов по таможенному оформлению для участников ВЭД.